El río San Juan fluye con una longitud 206 km desde su salida del Lago de Nicaragua hasta San Juan del Norte.

Este departamento alberga mucha historia y tiene una privilegiada posición geográfica. En tiempos de la conquista, los ingleses en tres ocasiones lograron cruzar el río para asaltar la ciudad de Granada, razón por la cual se decidió construir el fuerte "El Castillo", uno de sus atractivos en los raudales del río, en una ubicación que aún revela su valor estratégico.

La mayor parte de esta región, la más selvática y lluviosa del país, está considerada como una de las más atractivas reservas con que cuenta Nicaragua para los amantes del ecoturismo. También dispone de muchos recursos, ya que en la zona cercana al lago predominan la ganadería y el cultivo de arroz, explotación de madera y la pesca.