Es una reserva natural de 361,875 hectáreas de Bosque siempre verde bien drenado, bosque siempre aluvial moderadamente drenado, Bosque siempre verde pantanoso (Campnosperma sp y prioria sp), bosque siempre verde pantanoso dominado por palmas (yolillales). Lagunas de agua dulce (con vegetación acuática flotante y sumergida) estuarios, barra con vegetación influencia por agua salobre (con palma Manicaria sp), diferentes ecosistemas ribereños.

Es considerada certeramente como una de las áreas más importantes de Centroamérica debido al valor científico de la alta diversidad de especies vegetales y fauna (tapir, manatí, jaguar, chancho de monte, sahino, etc.) y presencia de restos arqueológicos.

Refugio de vida silvestre Río San Juan: Comprende algunos húmedos o humedales del lago de Nicaragua se caracterizan bosques siempre verdes pantanosos (campnospermas sp y prioria sp).

Bosque siempre verde pantanoso dominado por palmas (yolillales), lagunas de agua dulce (con vegetación acuática flotante y sumergidas) estuarios.

El área de forma similar de la reserva indio maíz tiene una alta diversidad de especies animales y vegetales, es particular la importancia de presencia de grandes mamíferos, peces de agua dulces y salobre, en especial la presencia de poblaciones reproductivas de manatíes. Se suma el valor estético, económico, científico y educativo de la presencia de muchísimas aves acuáticas y el valor de conservación que incluye la a nidación de un gran número de aves marinas

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